En fonction de sa population municipale, chaque commune dispose de 2 à 17 représentants, élus pour 6 ans.
Le président est élu par le Conseil d’agglomération, à la majorité des voix. Stéphan Rossignol, maire de La Grande Motte, conseiller régional, a été réélu président de la Communauté d’Agglomération du Pays de l’Or lors du conseil du 11 juillet 2020 par 42 voix (sur 46).
L’Agglomération du Pays de l’Or compte également 9 vice-présidents.